La commune de Natitingou est en partenariat avec plusieurs ONG répartis dans les différents quartiers de la ville pour la précollecte des ordures. Au jour d'aujourd'hui, trois (03) ONG (CNPE, VEA JPN), couvre la ville de Natitingou pour la pré-collecte des ordures. La Commune de Natitingou comprend trois arrondissements centraux. Arrondissement 1: 6 villages, Arrondissement 2: 6 villages ; Arrondissement 3: 8 villages,