Des disparités notables sont notées pour le taux d'achèvement au niveau des départements. En effet, le nombre d'apprenants qui achèvent la cycle primaire demeure très faible dans les départements de l'Alibori, de l'Atacora, du Couffo et de la Donga, où le taux d'achèvement est inférieur à 50% pour chacun de ces 4 départements. Ce taux affiche des valeurs moyennes dans l'ordre de 53%  pour les départements du Borgou, du Plateau, du Zou et des Collines. Les départements du Mono, de l'Atlantique et du Littoral présentent une forte proportion d'apprenants qui achèvent le cycle primaire avec les valeurs comprises en 75,42% et 99,87%. Le département de l'Ouémé a enregistré le plus fort taux d'achèvement : 111,16%, cette situation peut se justifier entre autre par la présence de nombreux enfants d'âge précoce, ou ayant dépassé l'âge du CM2 parmi l'effectif des apprenants de ce cours. 